В середине августа 1941 года полковник Петраковский направлен в Харьковский военный округ, где был назначен на должность командира 395-й стрелковой дивизии, которая в октябре после окончания формирования была передана в состав 9-й армии (Южный фронт), после чего принимала участие в боевых действиях под Мариуполем в ходе Донбасской оборонительной операции, а затем — в Ростовских оборонительной и наступательной и Воронежско-Ворошиловградской оборонительной операции.
В июле 1942 года Петраковский был отстранён от должности «за систематическое невыполнение приказов командующего 18-й армий и уклонение от боя». Дело было рассмотрено на Военном совете фронта с участием С. М. Будённого и Л. М. Кагановича, действия Петраковског были признаны соответствующими обстановке, и в августе он назначен исполняющим должность командующего оперативной группой пшадского направления Северо-Кавказского фронта.
В сентябре назначен на должность заместителя командующего 47-й армией Черноморской группы войск Закавказского фронта, а в ноябре того же года — на должность командующего Туапсинским оборонительным районом, который принимал участие в оборонительных боевых действиях на Туапсинском направлении, в результате чего противнику был перекрыт доступ к Пятигорскому и Хребтовому перевалам. В феврале 1943 года назначен на должность заместителя командующего 18-й армии, которая принимала участие в боевых действиях в ходе Краснодарской наступательной операции и освобождении Краснодара. 16 июля 1943 года назначен на должность командира 317-й стрелковой дивизии, ведшей боевые действия на Таманском полуострове, но уже 9 июля его по болезни эвакуировали в госпиталь в Москву. 18 августа того же года назначен на должность командира 57-го стрелкового корпуса 37-й армии Степного фронта, который принимал участие в боевых действиях в ходе битвы за Днепр, а также в Нижнеднепровской наступательной операции. С января 1944 года Петраковский находился на лечении по болезни, после выздоровления с марта состоял в резерве Ставки Верховного Главнокомандования и в мае того же года был направлен на учёбу в Высшую военную академию имени К. Е. Ворошилова. После её окончания которой в июне 1945 года был назначен на должность заместителя командующего 16-й армии Дальневосточного фронта. 5 августа армия была включена в состав 2-го Дальневосточного фронта, после чего во время советско-японской войны во взаимодействии с Северной Тихоокеанской военной флотилией принимала участие в боевых действиях в ходе Южно-Сахалинской и Курильской десантной операций.